Les Humanoïdes ont conquis la Terre. Albator s'expatrie alors à bord de l'Atlantis, conçut par son ami Alfred, à la recherche de la planète idéale. Pourchassés par les Humanoïdes, ils rencontrent un homme qui connaît le chemin vers cette planète. Cet homme malade, refusant de lui révéler le chemin, lui fait promettre de veiller sur Nausica, sa fille qui elle aussi connaît le secret du chemin... De l'autre côté de la galaxie, Eméraldas, femme-pirate dont Albator croisera la route à plusieurs reprises, sera sauvée par Alfred qui l'aime. Mais celui-ci contractera une maladie mortelle qui le terrassera. Il aura quand même le temps de transférer son esprit dans l'ordinateur central de l'Atlantis avant de mourir.