Train Heartnet est le meilleur assassin ayant jamais travaillé pour l’organisation Chronos. Sa rapidité, ses réflexes, son agilité et le nombre XIII tatoué dans son cou, lui ont valu le surnom de Black Cat il n’a encore jamais failli à une mission. Mais sa vie change le jour où il fait la rencontre de Saya, une chasseuse de primes qui lui enseigne la valeur de la vie humaine. Et lorsque Train décide d’épargner la vie d’Eve, une mystérieuse jeune fille programmée pour devenir une arme de destruction massive, il n’a d’autre choix que de quitter l’organisation et se retrouve poursuivi par les Chronos Numbers, les assassins d’élite, dont il faisait lui-même partie…