Infecté par un virus, XANA, le supercalculateur qui contrôle le monde numérique cherche aujourd’hui à détruire Lyoko et la Terre. Aelita, la seule humanoïde virtuelle de Lyoko, lui résiste. Seul un groupe de collégiens connaissent l’existence de Lyoko et la menace qui plane sur la Terre. Yumi, Odd, Ulrich et Jérémie partagent en secret une double vie : collégiens comme les autres pendant les heures de cours, ils passent le reste de leur temps à sauver le monde, en déjouant les plans de XANA et en protégeant Aelita, qui, plus qu’une humanoïde virtuelle, est aussi la meilleure de leurs amies. Il existe une suite en série live intitulé Code Lyoko Evolution.