L’histoire nous entraîne dans la vie quotidienne de Haruka Nanase, un adolescent passionné de natation. C’est à l’école primaire que Haruka intègre son premier club scolaire de natation avec ses camarades, Makoto Tachibana, Nagisa Hazuki, et Rin Matsuoka. A la fin de la primaire chacun des 4 garçons suit des voies différentes. C’est au Lycée que Rin Matsuoka réapparaît dans la vie Haruka pour le défier et lui montrer sa puissance écrasante. Haruka décide donc de reformer avec Makoto et Nagisa une équipe capable de se mesurer à celle de Rin. Un nouvel élève, Rei Ryugazaki, rejoint le club de natation du lycée Iwatobi.