Nous sommes en 2030 à Cho Tokyo, la nouvelle capitale du Japon. Les humains cohabitent désormais avec des êtres originaires d’un monde parallèle nommé « Shinkinkai ». Depuis quelques années, un jeu est organisé : Le « Buddyfight ». Afin de participer, un humain, aussi appelé Buddyfighter et un monstre venu de « Shinkinkai » doivent s’associer et affronter d’autres duos. Gao Mikado est un étudiant de sixième année au sein de l’académie « Partner Academy ». Ce lieu a pour but de former des « Buddyfighters ». Un jour, Gao vient en aide à un autre étudiant victime d’intimidations de la part de ses camarades. Cette action va totalement bouleverser le cours de sa vie…