Il s'agit de la suite de la série anime Inazuma Eleven : Ares no Tenbin. L'équipe nationale japonaise de football, "Inazuma Japan", est enfin dévoilée. Asuto Inamori, Ryouhei Haizaki, Yuuma Nosaka ainsi que Mitsuru Ichihoshi, la personne ayant joué dans un club à l'étranger, en font partie. Le championnat du monde junior de football, FFI (Football Frontier International), est sur le point de commencer. Cependant, les mystérieux "disciples d'Orion", les trahisons et les conflits vont créer des tentions dans l'équipe japonaise.