Vous vous retrouvez dans la peau d’un jeune garçon qui se connecte à ce jeu suite à l’invitation de son ami Orca. Celui-ci va l’initier au jeu à partir d’un donjon de base (à noter que le jeu est du genre Action-RPG). Arrivés dans ce donjon, ils aperçoivent une jeune fille vêtue de blanc poursuivie par un étrange monstre. Votre sang ne fait qu’un tour dans vos veines avant de vous porter au secours de la jeune inconnue et d’engager le combat. Votre ami Orca se trouve alors percuté par un étrange rayon. Impuissant, vous assistez à sa disparition. Alors que c’est à votre tour de lancer une attaque contre le monstre, un black-out se produit de façon inattendue. Réveillé par une étrange voix qui vous confie un livre «très spécial», vous apprenez par la suite que votre ami Orca dans la vie réelle est subitement tombé dans le coma et que d’autres personnes sont dans le même cas. Vous décidez donc de mener votre propre enquête auprès des personnages du RPG et au sein de cet univers virtuel… À noter aussi que vous retrouverez dans le jeu les personnages de la série .Hack//Sign. Liminality est en fait l’enquête policière faite par d’autres personnes en dehors du jeu. Dans ces Oavs, vous ne verrez aucun passage du jeu. Tout ce que vous voyez dans l’animé est en fait le résultat de ce qui se passe dans le jeu et vice-versa. Bien qu’assez difficile à expliquer, le concept est néanmoins très intéressant. Afin d’éviter un scénario littéralement tiré par les cheveux, il est recommandé de suivre l’ordre c’est-à-dire de jouer et ensuite de visionner cette série. Ordre chronologique des différents animes du Projet .Hack., du plus ancien au plus récent : Sign / Liminality / Legend of Twilight / Roots / Quantum / Terminal Disk / Sekai no Mukou ni.