Les humanoïdes ont conquis la Terre. Certains, comme Harlock (Albator), se lancent dans la résistance. D’autres, comme lecommandant Zero, restent fidèles au gouvernement même si celui‑ci est sous le joug du Gouvernement Galactique. Devant la menace Harlock, les humanoïdes ordonnent à la Fédération Terrienne de mettre fin aux exploits du capitaine corsaire. Zero, à bord du vaisseau Karyu, fleuron de la flotte, est chargé de la mission. Il part avec un équipage composé d’humains et d’humanoïdes à la poursuite du célèbre borgne…