Il s’agit d’une préquelle à la saga Ghost in the Shell – Stand Alone Complex. L’histoire se déroule en 2027, 1 an après la fin de la quatrième guerre non-nucléaire. La ville de New Port est à nouveau sous le choc après un attentat provoqué par une mine et la mort d’un militaire impliquée dans une sombre histoire de pot de vin. Au cours de l’enquête, Daisuke Aramaki de la Sécurité Intérieure rencontre Motoko Kusanagi, une redoutable cyborg travaillant pour une unité secrète de l’armée (la 501ème). Mais l’agent Batou, soupçonne Kusanagi d’être derrière l’attentat. En parallèle, nous suivons l’inspecteur Togusa qui enquête sur 2 homicides et le meurtre d’une prostituée. Comment toutes ces affaires peuvent-être liées ?