Dans cette troisième adaptation cinématographique faisant suite aux OAV de GITS Arise, nous retrouvons les personnages emblématiques de la franchise dans une toute nouvelle intrigue mêlant cyber-crimes, attentats et monde virtuel. Nous sommes en mars en 2029 et le Japon vit probablement l'une des périodes les plus sombres de son histoire : la cyber-criminalité est en hausse suite à l'expansion économique nippone et au développement des équipements cybernétiques. Résolu à mettre fin aux agissements des cyber-pirates sévissant aux quatre coins de l'Archipel, le gouvernement japonais, et plus particulièrement le premier ministre, décide se lancer dans une vendetta punitive à l'égard des cyber-criminels. Mais bien avant de pouvoir mettre son plan en oeuvre, le premier ministre est assassiné par des rebelles prônant l’anéantissement du gouvernement. La section 9, menée par Daisuke Aramki, décide dès lors d'ouvrir une enquête afin d'identifier les assassins. L'affaire est confiée à l'équipe du Major Motoko Kusanagi composée entre autre de professionnels comme Bâto, Paz, Togusa, Paz, Saitô, Ishikawa et Bôma. Avec l'aide d'Osamu Fujimoto, le fils du défunt premier ministre, le Major et ses hommes vont tout mettre en œuvre afin de découvrir les identités des coupables. Seront-ils en mesure de conclure leur enquête bien avant que les rebelles n'aggravent le bilan des victimes ?