Dans cette histoire, Alice n’est pas ce qu’elle semble être. Elle est du genre utile, forte et plutôt cynique. Contrairement à l’histoire originelle, Alice se fait kidnapper par Peter, un homme mystérieux aux oreilles de lapin et qui l’emmène dans un monde qui se nomme Heartland. Obligée de rester dans ce pays à cause des tours que lui joue Peter, Alice découvrira petit à petit le monde dans lequel elle est tombée ainsi que ses étranges habitants. Sur son chemin, elle rencontrera Blood, le chef de la mafia, Ace, un chevalier plutôt charmant ainsi que d’autres personnages plus étranges encore. Mais après tout, qu’est censée faire Alice dans ce monde ? A noter que le film constitue une suite au manga Alice au Royaume de Coeur, et qu’il est donc conseillé de l’avoir lu pour comprendre le film.