Asuna Watase passe ses journées solitaires à écouter une mélodie émise par un récepteur à cristal que lui a laissé son père décédé. Un jour, elle se fait attaquer par une créature et est sauvée par un garçon mystérieux, Shun. Quand ce dernier disparaît, elle embarque dans un voyage pour le pays d’Agartha afin de le retrouver. Durant ce voyage, elle sera confrontée aux dures réalités du monde qui l’entoure.