New York, 2012. Une jeune femme tombe d’un immeuble, se brisant en morceaux comme de la pierre. Le syndrome de solidification cellulaire, plus connu sous le nom de médusa, est rapidement considéré comme une pandémie par l’OMS. Son origine inconnue, son développement très rapide et son taux de mortalité de 100 % laissent présager le pire. Les gens commencent à paniquer, des émeutes éclatent un peu partout, les bourses s’effondrent et l’ONU déclare l’état d’urgence. La solution proposée par Venus Gate Corp., un grand laboratoire, pour stopper le phénomène : la cryogénisation des patients atteints, en attendant de trouver un remède. Mais seules 160 capsules de cryogénisation sont disponibles. Kasumi Ishiki, lycéenne, fait partie des patients. Lorsqu’elle se réveille, tout est dévasté et des siècles semblent s’être écoulés…