Une nouvelle énigme attend le Professeur Layton et Luke lorsque la jeune cantatrice Jenis Quatlane leur confie avoir aperçu le fantôme de sa meilleure amie défunte. Impossible pour le gentleman qu’est Layton de laisser cette demoiselle en détresse. Pour percer le mystère du fantôme de l’opéra, Luke et le professeur se rendent au Crown Petone Theater, le plus célèbre opéra du monde où le compositeur de génie , Oslo Whistler, dévoile sa dernière œuvre ainsi que de nombreux mystères…