Cet animé raconte l’histoire d’un apothicaire qui vend des remèdes mais qui s’occupe aussi de libérer des lieux ou des personnes desmononoke (des esprits). Il possède une épée tueuse de démons mais il doit, avant de pouvoir la sortir de son fourreau, réunir la Forme, laVérité et la Raison. La Forme du mononoke est définie par la relation que celui-ci entretient avec les hommes, la Vérité dépend des circonstances de l’incident et enfin la Raison dépend des sentiments qui ont conduits à l’incident. Les 12 épisodes sont divisés en plusieurs histoires. La première d’entre elles est celle d’une jeune femme enceinte qui demande hospitalité dans une auberge où se trouve l’apothicaire. Elle fuit et se cache car elle est poursuivie par un homme qui a été engagé pour la tuer. Elle attend un enfant du fils de son ancien maître mais veut absolument le garder même si pour cela elle doit risquer sa vie. Une fois dans la chambre de l’auberge elle voit des Zashiki Warashi, des esprits de la maison, et entend des voix d’enfants. L’apothicaire l’entendant crier entre, et découvre le cadavre du tueur au plafond…