L’histoire commence au Japon à l’époque contemporaine du film. Yūta, un jeune garçon âgé d’une dizaine d’années, a perdu son père dans un accident de la route un an auparavant. C’est le début des vacances d’été. Yūta se rend seul dans un endroit où lui et son père aimaient se rendre régulièrement pour partager leurs souvenirs et attraper des scarabées rhinocéros : un barrage perdu dans les montagnes. Pendant le trajet, un orage éclate, et, peu après, Yūta reçoit un choc et perd connaissance. Lorsqu’il se réveille, il se trouve en compagnie d’une petite fille, Saeko, dans un village dont il ne tarde pas à se rendre compte que c’est le village qui devrait normalement être noyé par l’eau du bassin de retenue du barrage. Il finit par comprendre qu’il a été projeté trente ans dans le passé, avant la mise en activité du barrage. Un étrange séjour dans le passé commence.