En 2013, à la suite de la dernière grande guerre, la majeure partie de la surface habitable a disparu et, de ce fait, les armements militaires furent interdits. Ce fut le traité de Babylone qui organisa une seule entité indépendante pour gouverner sur les six régions restantes. On suit donc Shion, qui habite dans une de ces régions très contrôlées et hiérarchisées, appelée No.6. Ce dernier fait partie de la future élite de la ville et suit un enseignement spécial depuis l’âge de deux ans. Une nuit, il sauve un garçon surnommé le Rat (Nezumi), qui a échappé à la police de sécurité. À partir de ce moment-là, la vie de Shion prend un tournant radical et ne sera plus jamais la même.