L'histoire se concentre sur le protagoniste de 16 ans après son arrivée au lycée Shujin de Tokyo. Séjournant chez des amis de ses parents, il fait la rencontre de deux camarades lycéens, Ryuuji Sakamoto l'enfant à problèmes, et An Takami l'introverti, ainsi que d'une créature métamorphe bavarde semblable à un chat, Morgana. Se sentant étouffés par leur environnement, ils vont former la bande des « Voleurs Fantômes ». S'employant à mener à bien des hold-up, ils vont être confrontés à de mystérieux phénomènes en cours de route.