Kaito, grand fan d’énigmes et nouvellement arrivé dans le lycée privé Root Academy. Il est sélectionné pour faire partie de Phi Brain, une organisation réunissant des personnes aux capacités mentales extraordinaires. Un jour, Kaito et son amie d’enfance Nonoha réussissent à résoudre le puzzle caché dans des ruines à proximité de l’école. Mais ce puzzle n’est pas comme les autres, c’est un « puzzle philosophique ». En le résolvant le lycéen devient un « Solver », une personne chargée de résoudre ces énigmes créées dans un but malveillant par un groupe mystérieux connu sous le nom de POG (Puzzle of God). Kaito et Nonoha rejoignent donc le groupe des Solvers et parcourent le monde à la recherche de puzzles à résoudre pour sauver le monde. Commence alors un combat contre une organisation plus puissante qu’ils ne l’auraient imaginé.