Un petit restaurant de plage voit soudainement débarquer une jeune fille se nommant Ika Musume (ou fille-calamar) venue des océans pour asservir l’humanité, qui a pollué ses eaux impunément. Elle fera bientôt la connaissance de Takeru, jeune collégien qui raffole de ses tentacules bleues, ainsi que d’Eiko et de sa sœur, Chizuru, qui ne semblent pas la craindre, à sa grande déconvenue.