Yuki est une jeune femme qui est la seule survivante connue d'une ville qui a été détruite. De son côté, Takuya est un jeune homme solitaire qui est également contrebandier. Après avoir découvert une lettre du père de Yuki, le duo décide de se rendre dans la fameuse ville détruite qui est désormais appelée "Lost". Avant de découvrir les mystères qui se cachent derrière la destruction des lieux, ils devront faire faire à des organisations secrètes et déjouer plusieurs conspirations...