Deux amis, Nagi Soichirô et Makihara Bob sont transférés dans l’établissement de Jûdô Gakuen. Ils vont faire la connaissance des sœurs Natsume. Ils vont apprendre à leurs dépens l’existence d’un Conseil qui régit cet établissement. Ils décident alors de rejoindre le club de kendo dirigé par les sœurs Natsume qui est le seul à s’opposer au Conseil. Aya, la cadette des sœurs Natsume, tombe éperdument amoureuse de Nagi, et Maya, l’aînée voit tout de suite que Nagi a un gros potentiel : il contrôle des techniques en quelques jours alors qu’il faut normalement des années pour les maîtriser. Par la suite, des évènements étranges se produisent et auraient un rapport avec un mystère qui s’est passé deux ans plus tôt et qui serait lié à Nagi.