The Third présente les aventures d'Honaka, jeune femme très talentueuse au sabre, ce qui lui vaut le surnom de "sword dancer". À bord de son tank des sables Bogie à l'intelligence artificielle hors du commun, elle exécute des missions comme garde du corps ou autres métiers afin de survivre dans un désert aux multiples dangers. Le monde où évoluera Honoka est contrôlé par les Thirds, des humanoïdes ayant une technologie très avancée et possédant le Tenchuggan, une sorte de troisième œil leur permettant de contrôler toutes technologies. Elle sauve lors d'une expédition dans le désert un jeune homme très mystérieux nommé Iks, s'enchaînent alors de multiples évènements bouleversant la vie d'Honoka.