Yugi, un jeune garçon chétif et naïf réussit un jour à remonter le fameux Puzzle du Millénaire. À partir de ce moment-là, le destin de Yugi va devenir celui d’un être hors du commun. Le Puzzle lui a donné d’incroyables pouvoirs et l’a doté d’un double impitoyable Yami Yugi, « Le Maître des Jeux ! ». Lorsque Maximillion Pegasus, l’inventeur du jeu Magic and Wizards apprend la défaite de Seto Kaiba face à Yugi, il décide de voler l’âme de Mûto Sugokoru, le grand-père de Yugi. Son but ? Contraindre Yugi à participer au Tournoi de Duel de Monstres pour pouvoir s’emparer du Puzzle !