Zatchbell raconte l'histoire d'une lutte pour le pouvoir : le pouvoir sur le monde des démons. La lutte a lieu entre poupées démoniaques, sortes de petits démons confiés à des humains qui les dirigent à l'aide d'un livre que l'humain lit pour déclencher les pouvoirs du démon. C'est donc l'histoire de l'un de ces démons, Zatchbell, qui, après avoir perdu la mémoire et avoir été récupéré par un scientifique, est confié au fils de ce dernier : Takamine Kiyomaro. Loin de s'entendre parfaitement dès le début, les deux personnages (et surtout Takamine, enfant surdoué mais difficile) apprendront à se connaître et à s'apprécier.